一、地理位置不同
1、南京南站位于江苏省南京市雨花台区，是中国铁路上海局集团有限公司管辖的客运站，是南京铁路枢纽的重要组成部分，也是华东地区最大的交通枢纽，国家铁道枢纽站，是亚洲第一大火车站和亚洲第一大高铁站。
2、南京站位于江苏省南京市玄武区，是中国铁路上海局集团有限公司管辖的客运一等站，是南京铁路枢纽的重要组成部分。
二、建设的时间不同
1、南京南站规划于1991年，地处南京南部新城的核心区；2007年底前规划设计方案选定，北靠雨花台风景区、南临秦淮新河、西接牛首山；2008年1月正式开工；2011年6月28日南京南站及北广场投入使用；2015年1月南广场启用。
2、南京站始建于清光绪三十一年（1905年），原址位于南京下关地区；于1968年9月迁入现址，与南京长江大桥同时建成投入使用；于2005年7月中旬完成车站改建工程并率先采用“高进低出”的方式，成为中国各地火车站新建改建的范本；于2014年8月启用新建的北站房和北广场。
三、建筑面积不同
1、南京南站截至2018年6月，南京南站占地约70万平方米，总建筑面积约45.8万平方米，总投资超过300亿元人民币，其中主站房面积达28.15万平方米。
2、南京站截至2017年底，南京站占地面积120万平方米，总建筑面积约10万平方米，南站房客流高峰期每小时可容纳1万名旅客候车，北站房客流高峰期每小时可容纳6415名旅客候车，站场规模为8台16线。
参考资料来源：百度百科-南京南站
参考资料来源：百度百科-南京站
南京南站
地址：江苏省南京市雨花台区玉兰路98号
南京站
地址：南京市玄武区龙蟠路110号