档案分类整理的方法：
一是以“案卷”为单位整理。二是以“件”为单位整理。
1、以“案卷”为单位整理。
1）以“案卷”为单位整理就是立卷，即按照文件材料在形成和处理过程中的联系将其组合为案卷。
2）所谓案卷，就是一组密切联系的文件的组合体。立卷是一个分类、组合、编目的过程。分类即按照立档单位的档案分类方案，对文件材料进行实体分类；组合即将经过分类的文件材料，按一定形式组合起来；编目即将经过组合以后的文件材料，进行系统排列和编目。
3）以“案卷”为单位整理的档案，其基本保管单位是案卷。案卷卷皮有软卷皮和硬卷皮2种，硬卷皮型号有1.2，1.5，50px三个规格，以软卷皮装订的档案必须按案卷顺序装入档案盒。
4）以“案卷”为单位档案整理的依据是1987年12月国家档案发布的《机关档案工作业务建设规范》和《文书档案案卷格式》
5）以“案卷”为单位档案整理的适应范围
（1）大部分单位短期保管（现10年）的文书档案，乡财政所、中心学校等二级机构文书档案一般按“卷”整理
（2）各单位专门业务档案一般按“卷”或是“盒”整理。
（3）科技档案按“卷”整理，整理要求按照国家质量技术监督局颁布的《科学技术档案案卷构成的一般要求》（GB/T 11822-2000）执行。其中科研档案还可按国家档案局颁发的《科学技术研究课题档案管理规范》DA／T2-92执行。基建工程档案按照国家档案局、国家计委1988年颁发的《基本建设项目档案资料管理暂行规定》执行。
（4）会计档案按“盒（卷）”整理，整理的依据是财政部、国家档案局1998年发布的关于《会计档案管理办法》（财会字〔1998〕32号）。
6）按“卷”整理的文件整理步骤是：文件分类、鉴定保管期限、排列、编页号、编制卷内文件目录、装订案卷、填写备考表、填写案卷封面、编写立卷说明、编制案卷目录、编制全引目录、档案排架。
2、以“件”为单位整理。
1）以“件”为单位整理就是按照文件材料形成和处理的基本单位即“件”来进行整理。
2）一般来讲，一份文书材料、一张图纸或照片、一盘录音带或录像带、一本表册或证书、一面锦旗、一个奖杯等均为一件。文书材料的正本与定稿作为一件，正文与文件处理单为一件（处理单包括：收文处理单、拟办单、发文稿头纸及领导批示的签批条等），转发件与被转发件为一件，正文与附件作为一件，原件与复制件为一件，报表、名册、图册、刊物等每册为一件，来文与复文及其他相关文件可为一件。
3）以“件”为单位整理的档案，其基本保管单位是件。以“件”为单位整理的文书档案最后要装入档案盒内。
4）以“件”为单位文书档案整理的依据是2006年12月国家档案局发布的8号令和2000年12月发布的《归档文件整理规则》。
5）以“件”为单位档案整理的适应范围：
（1）全县副科级以上各级党的机关、行政机关、社会团体和其他组织需归档的文书档案按“件”整理。
（2）企事业单位有关党群工作、行政管理、经营管理、生产技术管理类归档文件材料按“件”整理，
（3）声像、电子、实物档案按“件”整理，电子档案整理要求按照国家档案局发布的《电子公文归档管理暂行办法》以及《电子文件归档与管理规范》（GB/T 18894-2002）执行。照片档案整理按国家档案局2002年发布的《照片档案管理规范》
